Die voortdurende invalle van die Spaanse veroweraar Don Nuño Beltrán de Guzmán in die westelike lande van die land, om sy heerskappy en mag oor daardie gebiede te vergroot, het gelei tot die stigting van 'n nuwe provinsie genaamd die Koninkryk Nieu-Galisië.
Die streek was bewoon deur verskillende inheemse groepe, wat die nedersettings wat die Spanjaarde daarin gestig het, voortdurend verwoes het. Nuño de Guzmán se luitenant, kaptein Juan B. de Oñate, het bevele ontvang om die provinsies te bevredig en die Villa de Guadalajara te stig in die plek genaamd Nochistlán, wat hy op 5 Januarie 1532 voltrek het. In die lig van die gereelde inheemse aanvalle op die stad hy moes 'n jaar later na Tonalá en later na Tlacotlán verhuis. 'N Derde oordrag is gedoen om die stad in die Atemajac-vallei te vestig, waar die stad op 14 Februarie 1542 definitief gestig is met die aanwesigheid van Cristóbal de Oñate as goewerneur van Nieu-Galicië en Don Antonio de Mendoza, destydse onderkoning van Nieu-Spanje, wat Miguel de Ibarra burgemeester en luitenant-goewerneur aangestel het.
Die stad het vinnig ontwikkel en begin kompeteer met dié van Compostela (vandag Tepic), wat toe die setel van die godsdienstige en burgerlike magte was, sodat die inwoners van Guadalajara sulke druk op die owerhede van die Audiencia uitgeoefen het, dat die koning Felipe II besluit om 'n Cédula van 10 Mei 1560 uit te reik om van Compostela na Guadalajara, die katedraal, die Royal Court en die tesourie-amptenare te verhuis.
Die stedelike struktuur is volgens die ander koloniale stede beplan, en die uitleg daarvan is ontwikkel in die vorm van 'n skaakbord vanaf die San Fernando-plein. Later is die buurte Mexicaltzingo en Analco deur Fray Antonio de Segovia gestig, en die omgewing Mezquitán, een van die oudstes. Die stadshuishuise is ook opgerig, oorkant die huidige tempel van San Agustín en die eerste parochiekerk waar die Paleis van Justisie geleë is.
Vandag vertoon die manjifieke stad, ryk aan koloniale geboue, 'n groot aantal relevante argitektoniese voorbeelde, soos die katedraal, 'n moet-sien-plek, gebou tussen 1561 en 1618 deur die argitek Martín Casillas. Sy styl is geklassifiseer as 'n begin barok. Die soliede struktuur styg voor die huidige Plaza de Guadalajara, met sy nuuskierige torings wat, hoewel dit nie tot die oorspronklike styl van die gebou behoort nie, tans erken word as 'n simbool van die hoofstad van Guadalajara. Die primitiewe torings is in die 19de eeu deur 'n aardbewing vernietig, en daarom is diegene wat dit vandag het, bygevoeg. Die binnekant van die tempel is in 'n semi-gotiese styl, insluitend die gewelwe wat van kant gemaak is.
Ander godsdienstige gebiede uit die 16de eeu is die San Francisco-klooster, wat in 1542 naby die rivier, in die Analco-omgewing, gestig is en byna heeltemal vernietig is in die Reformasie. Die tempel, wat aan die einde van die 17de eeu opgeknap is, met sy barokke gevel van beskeie Solomoniese lyne, word bewaar. Die klooster van San Agustín, is in 1573 gestig deur die Koninklike Ordonnansie van Felipe II en bewaar tans sy tempel met sy gevel van ernstige Herreriaanse lyne en sy binnekant met geribde kluise.
Santa María de Gracia, nog 'n kloosterfondament, is beset deur Dominikaanse nonne uit Puebla, gebou in 1590 voor die Plaza de San Agustín en betaal deur Hernán Gómez de la Peña. Die konstruksie het ses blokke beset, hoewel vandag nog net die tempel bestaan, met 'n neoklassieke gevel uit die tweede helfte van die 18de eeu.
