Die kerstening van die Yaquis het die godsdienstiges in 1609 laat versprei en die grondgebied van Sonora binnedring.
Tydens die kolonie kom Sonora slegs ooreen met die hange van die Sierra Madre Occidental binne die perke van daardie entiteit. Die streek wat noord van die Yaqui-rivier geloop het, insluitend die Real de la Cieneguilla, het Pimería Baja genoem en die noordelikste streek van daardie Real na die Colorado-rivier - reeds in die huidige Noord-Amerikaanse staat Arizona - het Pimería Alta genoem.
Die huidige Sonoran-gebied bevat ook 'n klein streek in die suidweste van die destydse Pimería, geleë in die deelstaat Chihuahua en Ostimuri, 'n plek aan die kus van die Golf van Kalifornië, tussen die Mayo- en Yaqui-riviere.
In 1614 het die sendelinge Pérez de Rivas en Pedro Méndez die Maya's in die Ostimuri-gebied gekersten en die sending in drie distrikte verdeel: Santa Cruz (aan die monding van Mayo), Navojoa en Tesia.
Die Tepahues is in 1620 saam met die Cornicaris opgeneem. Vader Miguel Godínez het die missies van San Andrés de Cornicari en Asunción de Tepahui gestig. . In dieselfde jaar is die Rektoraat van San Ignacio gestig, wat, benewens die vyf voorheen genoemde missies, die van Bacúm, Torín en Rahún, wat aan die monding van die Yaqui geleë is, insluit.
In 1617 is die Yaquis deur die ouers Pérez de Rivas en Tomás Basilio bekeer. Ondanks lydende opstande, onluste, foltering en moorde, was die bekering van Sonora vinniger en meer gekonsolideer. Teen die 17de eeu het die Jesuïete die missie van Maycoba en Yecora uitgebrei en gestig in die suidwestelike deel van wat hulle as Chínipas geken het.
Die missies van die Yaqui-rivier na die noorde is in vier pastore verdeel: die van San Borja gegroepeer die missies van: Cucumaripa en Tecoripa , gestig in 1619; Movas en Onovas, in 1622; Sahuaripa in 1627; Matape in 1629; Onapa in 1677 en Arivechi , in 1727. Die rektoraat van die drie heilige martelare van Japan, waaronder Batuco wat in 1627 gestig is, Oposura in 1640 en Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca en San Miguel Bavispe , gestig in 1645. En die Rektoraat van San Javier wat die missies van Ures in 1636 geïntegreer het; Aconchi, Opodepe en Banámichi in 1639; Cucurpe en Arizpe in 1648, en Cuaquiárachi in 1655.
In 1687 betree die sendeling Eusebio Francisco Kino die Pimería Alta en begin die missies van die rektoraat Nuestra Señora de los Dolores, met die stigting: Caborca, waaraan Francisco Javier Saeta toegewys is, wat korrespondensie onderhou met sy geestelike ondersteuning, die vader Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera en Imuris.
Na die uitsetting van die Jesuïete was die sendings aan die hoof van die Fransiskane, wat nie meer gebou het nie en net hulself probeer beperk het om die bestaande te bewaar. Nadat die Jesuïete reeds nedersettings in Sinaloa en Sonora gevestig het, het hulle hul aandag gevestig op die Kaliforniese gebied.
